中心实行管理委员会战略引领、工程技术委员会指导下的主任负责制。中心设立运行管理部、技术研发部、公共服务部和产业基地部四个二级单位。运行管理部主要包括行政办公室、研究生管理办公室、项目管理办公室。技术研发部包括时空信息感知研究所、时空信息智能分析研究所和智能时空信息系统软件研究所。公共服务部包括校企合作服务室、技能培训服务室和标准规范服务室。产业基地部负责联系四个产业化基地和全球技术推广。

国家地理信息系统工程技术研究中心组织机构图